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农业银行短信通知的扣费规则会根据不同的服务和地区有所不同。关于如何扣费以及为两个手机号开通短信通知的扣费问题，可以参考以下情况。
1、农业银行并非直接针对开通两个手机号进行额外扣费，而是根据所选择的短信服务进行扣费，短信通知服务是收费的，而具体收费标准可能因地区和服务的不同而有所差异。
2、在为两个手机号开通短信通知时，需要分别进行绑定和开通服务，每个手机号都需要单独进行开通流程，并按照相应的标准分别扣费。
3、扣费方式通常为定期从绑定的借记卡账户中划扣，确保账户余额充足以支付服务费用，以保证服务的正常使用。
如果想知道具体的扣费标准，建议直接联系农业银行的客服或前往当地的农业银行网点进行咨询，也可以留意银行账户的扣款信息，以了解具体的扣费情况。